La mejor forma de sustituir un controlador de dominio es instalar Windows 2000 Server en el nuevo servidor, agregarlo al dominio, promocionarlo a DC, instalarle DNS (si la zona del dominio es Active Directory Integrada valdrá con esto), transferirle los roles FSMO, hacerle catálogo global, traspasarle el servidor de licencias (en caso de usar Terminal Server en modo aplicación y que tenga el DC el servidor de licencias de su sitio) y degradar a servidor miembro al controlador de dominio que se sustituye; después se le puede sacar del dominio (si es que se va a criar malvas):

255690 - HOW TO - View and Transfer FSMO Roles in the Graphical User Interface
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;EN-US;255690

255504 - Using Ntdsutil.exe to Seize or Transfer FSMO Roles to a Domain Controller
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;EN-US;255504

223787 - Flexible Single Master Operation Transfer and Seizure Process
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;EN-US;223787

313994 - CÓMO - Crear o mover un catálogo global en Windows 2000
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;es;313994

Para cambiar el servidor de licencias de sitio de un sitio
http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/windowsserver2003/es/library/ServerHelp/13e072d9-7424-43a0-870f-a3cba5f88a1e.mspx?mfr=true

Por último, si vas a sustituir un Windows 2000 por un Windows 2003, estos artículos también te interesarán:

325379 - Cómo actualizar los controladores de dominio de Windows 2000 a Windows Server 2003
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;es;325379

817470 - HOW TO Reconfigure an _msdcs Subdomain to a Forest-wide DNS Application Directory Partition When You Upgrade from Windows 2000
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;817470

555040 - Common Mistakes When Upgrading a Windows 2000 Domain To a Windows 2003 Domain
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;555040