Cuando se degrada un controlador de dominio, sus metadatos en el directorio son eliminados, de esa forma, por ejemplo, no intentará replicar con él otro controlador de dominio. En ocasiones, un DC puede "pasar a mejor vida" (ya sea por accidente o por que nosotros lo hemos querido así, formateandolo), sin haber sido degradado convenientemente; esto provocará que haya errores de replicación en el visor de sucesos, etc.

Cuando esto se produce, tienes que eliminar los metadatos del controlador de dominio "desaparecido en combate" utilizando NTDSUTIL.EXE, pues desde "Usuarios y equipos de Active Directory" te dará un error al querer eliminar la cuenta del DC; échale un vistazo a este enlace, creo que te será de ayuda:

216498 - Cómo quitar datos de Active Directory después de degradar incorrectamente un controlador de dominio
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ES;216498