Tenemos tres opciones para apagar/reiniciar un equipo desde línea de comandos (esto permite crear una tarea programada para reiniciar un equipo cada día a determinada hora, por ejemplo):

1.- El programa SHUTDOWN.EXE que viene con el Kit de Recursos de Windows 2000: Tiene una habilidad "especial" este programa y es la capacidad de reiniciar otros equipos de la red, no sólo el propio equipo que lanza la tarea:

317371 - CÓMO Utilizar la herramienta de apagado remoto para apagar y reiniciar un equipo en Windows 2000
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ES;317371

2.- El programa SHUTDOWN.EXE que viene de serie con Windows XP: No tienes más que copiarlo del directorio %SystemRoot%\system32 del XP al directorio %SystemRoot%\system32 del Windows 2000. Al igual que el SHUTDOWN.EXE del Resource Kit de Windows 2000 es capaz de apagar tanto el equipo que lanza la instucción como otros equipos de la red.

3.- Lanzar el siguiente script, cortesía de Marcial Carlés
(copia lo encerrado entre <pego> y </pego>, lo pegas en el notepad y lo
guardas con extensión .VBS):

<pego>
'Win32 OperatingSystem
'http://msdn.microsoft.com/library/psdk/wmisdk/clasops 0h7x.htm
'Sugerencia de Michael Harris.Aplicación y comentarios: Marcial Carlés.
'
'Atención: Este script cierra todas las tareas, el propio sistema

'y finalmente apaga la máquina '(PowerOff).
'Si hay archivos de datos abiertos, NO serán salvados.
'Válido para sistemas que implementan WMI (Windows ME y 2000).

Set wmi = GetObject("winmgmts:{(Shutdown)}")
Set objSet = Wmi.InstancesOf("win32_operatingsystem")
For Each obj In objSet
    set os = obj : exit for
Next

os.win32shutdown (6)
</pego>


Me gustaría que te fijaras en la última línea; es la que ejecuta el reinicio. Como puedes ver, al método .win32shutdown se le pasa un parámetro numérico; el significado de ese parámetro es:

0 = Log Off
4 = Forced Log Off
1 = Shutdown
5 = Forced Shutdown
2 = Reboot
6 = Forced Reboot
8 = Power Off
12 = Forced Power Off

Así que tan sólo con que cambies el número obtendrás el resultado que necesites. Como puedes ver, en el script que he copiado se fuerza el reinicio de la máquina.

Link de interés:

Restarting a Computer
http://www.microsoft.com/technet/treeview/default.asp?url=/technet/scriptcenter/scrguide/sas_cpm_gmen.asp